Էջի սկզնաղբյուր կամ Binary կոդ

Շատերը նախընտրում են Windows –ում և  linux/unix/Mac-ում առկա  NBO 6.0-ի կոդավորված տարբերակը: Binary NBO 6.0 –ն առաջարկում է ավելի ցածր գին, այն հեշտ է գործարկվում, բոլոր հատկանիշներով կցվում է ESS կոդավորված ծրագրերի հետ համատեղելի NBO6-ին, բայց այն կարող է գործարկվել նաև որպես  GenNBO-ի առանձին ոլորտ  նախկին   ESS կոդերով ստեղծված ալիքային ֆունկցիաները վերլուծելու համար:  Հետևապես, NBO 6.0 կոդը պատրաստ է բեռնվել և գործարկվել ESS ծրագրի շրջանակներում:

OS –ում կամ տեխնիկական միջավայրերում  ծրագրավորողների կամ ESS/NBO6  կամ  GenNBO6 ծրագրեր ստեղծողների համար NBO 6.0  սկզբնական տարբերակը ևս հասանելի է ,ինչը պահանջում է OS հատուկ հատկությունների միջոցով, C կոդի և fortran-ի կիրառությունը ,կազմությունն ու հղումը:

NBO Keylist-ի մուտքագրում

NBO6 ծրագրի և գործարկողի միջև կապը իրագործվում է NBO keylist-ի միջոցով, որը ներմուծված է  ESS ֆայլի մեջ (ինտերակտիվ  ESS/NBO6 գործողություններ իրականացնելու նպատակով) կամ .47 input ֆայլի մեջ file (առանձին GenNBO գործողություններ իրականացնելու նպատակով): Սա ունի ընդհանուր ձև.


$NBO (keywords) $END

որտեղ հիմնաբառերը /"(keywords)" ընտրվում են NBO ձեռնարկներում նկարագրված  NBO ընտրանքների միջոցով:

Հաղորդագրության փոխանցում

NBO6-ը առաջարկում է ESS/NBO ինտերակտիվության համար նոր հիմնացույց/պարադիգմ.  հաղորդագրության փոխանցում առանց հղման:  Այս  ռեժիմում առանց հղման ESS և NBO6 երկակի ծրագրերը մեկնարկվում են միաժամանակ, որտեղ նրանք համապատասխանաբար հաղորդակցվում և համագործակցում են որպես երկակի զույգ ESS  ֆայլում պահանջվող առաջադրանքները իրագործելու համար: Այս ամենը, թե ինտերակտիվ ESS/NBO –ում կամ առանձին գործարկվող GenNBO ծրագրերում հասկանալի են փորձառու  NBO կիրառողների համար, ովքեր պատրաստում են NBO նախկին տարբերակներում $NBO keylist-ը:

 

 

Q1. Արդյոք NBO 6.0-ը աշխատում է հին Gaussian կամ GAMESS տարբերակներով
 

 NBO 6.0-ն համատեղորեն աշխատում է  միայն նոր NBO6- ESS հիմնական ծրագրի հետ: Այնուամենայնիվ,  NBO 6.0-ը կարող է գործարկվել միայնակ գործարկվող GenNBO ռեժիմով՝ աշխատելով  GenNBO –ի համար մուտքագրված NBO (.47) ֆայլերով հագեցած արխիվի երբևէ ունեցած  ESS ծրագրով: Որպես հավելում, մի հատուկ ընթացակարգընթացակարգ կա, որը հնարավորություն է տալիս հղել NBO 6.0 տարբերակի սկզբնաղբյուրը  Gaussian 09 հին (pre-Rev. D) տարբերակի միջոցով:

 

Q2.

Որոշակի հանգամանքներից ելնելով, NBCP (or NRT, STERIC, CMO,…) հիմնաբառերը չեն կիրառվում, չնայած ես գործարկում եմ Gaussian-ի վերջին թողարկումը: Ինչն է սխալ:

 

Gaussian ծրագրային փաթեթը կիրառվում է NBO 3.1 ծրագրի հետ, որը համարվում է հնացած (1980թ. թողարկում), չունի նմանատիպ գործիքներ և այլևս չի սպասարկվում  NBO-ի զարգացմամբ զբաղվող թիմի կողմից:Դուք պետք է կիրառեք գործող NBO 6.0 ծրագիրը NBO-ի հիմքով վերլուծական բոլոր գործիքներին հասանելիություն ձեռք բերելու նպատակով (բայց տես  Q3). 


 

Q3. Ինչպես կարող եմ կիրառել NBO 6.0-ը G09W-ի կամ այլ երկակի  PC-Windows ծրագրերի հետ
 

G09W երկակի կոդի հետ համատեղված NBO6-ի ավելի նոր տարբերակը անմիջապես աշխատում է NBO 6.0 երկակի կոդով ծրագրի հետ համալրված ամբողջական ինտերակտիվ եղանակով: Այնուամենայնիվ, G09W-ի վաղ տարբերակները ունակ են աշխատելու միայն  (ոչ ինտերակտիվ տարբերակով) NBO 6.0-ով համալրված GenNBOռեժիմով՝կիրառելով հին G09W –ի  ավելի հին  NBO3-արխիվացված մակարդակը (.47), որոնք դեռևս պատրաստվում են գործող  NBO ծրագրերի կողմից: (G09 Rev. C.01 –ի .47 ֆայլերի հետ կապված խնդիրները լուծվել են:) 

Անհրաժեշտ են հետևյալ քայլերը.

(1) Ստեղծել  NBO ֆայլերի արխիվ (xxx.47) ձեր գործող G09W-ց: Սա իրագործելու համար ընտրեք ,,արխիվ ,, հիմնաբառը, ապա ընտրված "file=myjob" ֆայլի անունը Gaussian-ի ներմուծած ֆայլի $NBO գործիքների ցուցակում (առօրյա  POP=NBOREAD քարտի վրա):


(2) Փոփոխիր myjob.47 ֆայլը ավելացնելով համապատասխան հիմնաբառի գործիքը $NBO…$END ցուցակումայս ֆայլի երկրորդ տողում: Ապա ընտրեք հետևյալ հրամանը՝"gennbo myjob" և փնտրեք "myjob.nbo" ֆայլը որպես արդյունք:
 

Q4. Gaussian-ով ես փորձել եմ փոխկապակցված MP2 մակարդակով գնահատել NPA մուտքերը, սակայն արդյունքները նման էին չփոխկապակցված HF արդյունքներին: Ինչն է սխալ:
  Դուք պետք է Gaussian  շրջանառվող քարտում ներառեք նաև "DENSITY=CURRENT" (կամ "DENSITY=MP2")_ը HF խտության մեջ արված ուղղումների հստակությունը ճշտելու նպատակով:
Q5.

Իմ Gaussian աշխատանքը չի ներառում NBO ելք, բայց այն ունի հաղորդագրություն «NBO-ն  չի կարող կարգավորել գծային կախյալ հիմքով խմբերը»: Ինչ է սա նշանակում և ինչ կարող ենք անել:

  Gaussian ծրագիրը ստուգում է թվային անկայունություն պարունակող չեկերը հիմնական գործառույթների գծային կախվածության հիման վրա (մասնավորապես ցրված գործառույթների հավաքագրման նպատակով) և անհրաժեշտության դեպքում կրճատում է սահմանված հաշվելիության չափը: Այս դեպքում Gaussian_ի որոշակի տարբերակներ ուղղարկում են վերոնշյալ հաղորդագրությունը և շրջանցում են  NBO_ում մուտքագրումները: Լուծումը IOP(3/32=2) ներառելն է Gaussian-ի գծային կախվածության փորձարկումը շրջանցելու համար` հիմնվելով  NBO-ում ներառված ավելի կայուն գծային կախյալ միջոցները: Այնուամենայնիվ, եթե, իսկապես, գծային կախվածությունը խիստ է, ապա միակ այլընտրանքային տարբերակը "+"-ն ջնջելն է կամ էլ այլ հիմքով գործառույթներ կիրառելն է, մինչ Gaussian_ի գծային կախվածության հիմքը պատճառաբանված չէ:
 
Q6. Երբ ես գործարկում էի $DEL հեռացումը Gaussian_ում ծրագիրը հաղորդում էր`«չի համընկնում»: Արդյոք սա թերացման նշան է:
  Ոչ, $DEL պրոցեսը կիրառում է Fock (կամ Kohn-Sham) օպերատորին ջնջված խտության միանգամյա գործարկման գնահատման համար, ինչը տարբերվում է «համընկնող» / ամբողջական / խտությունից: Հետևաբար, այս հաղորդագորւթյունը կարող ենք անտեսել:
Q7. Ես համեմատել եմ NPA-ը Jaguar և Gaussian –ով կատարված աշխատանքների հետ և բացահայտել եմ, որ NAO- ի տարրերը տարբեր են երկու ծրագրերում: Որն է ճիշտ:
  Երկուսն էլ: Եթե ներքին կորդինատները աշխատում են, ապա  տարբեր ծրագրային համակարգեր հաճախ օգտագործում են  Կարտեզիան կոորդինատային համակարգի տարբեր տարրեր: Այս պայմաններից ելնելով,  օրինակ, "x"-ի նշանակությունը երկու հաշվարկներում տարբեր է (մոլեկուլային կողմնորոշման հարաբերականություն), իսկ "p(x)" NAO-ի  տարրերը համապատասխանաբար տարբերվում են: Այնուամենայնիվ, երկու ծրագրերի արդյուքնում պիտի լինեն նույն NAO  տարրերը, եթե հետևողականորեն ընտրվեն կոորդինատների առանցքները:
 
Q8. Gaussian-ով արված իմ երկու MP2 հաշվարկները կցում են նախազգուշացնող հաղորդագրություն «ոչ ֆիզիկական» զբաղվածության վերաբերյալ և վերջիվերջո դադարում են: Ինչն է սխալ:
  MP2-ը և հարակից մյուս մեթոդները հանգեցնում են  մոտավոր խտության, որը հերթականությամբ ու ֆիզիկապես չի համապատասխանում N-մասնիկի ալիքային ֆունկցիային  այսինքն ոչ N-ներկայացուցչին): Այս անհամաձայնությունները աննշան են, բայց եթե այս սերիան լավ գործի, ապա դրանք ավելի լուրջ գործողությունների կվերածվեն (ստիպողաբար հրաժարվելով NBO վերլուծություններից)այլ բաց և անապահով համակարգերի և մյուս վատ ծրագրված համակարգերի համար: Այս դեպքերում NBO թերացումների վերաբերյալ հաղորդագրությունները զգուշացնում են, որ MP2 խտությունը վստահելի չէ: FIXDM հիմնաբառը կարող է որոշ սխալ հաղորդագրությունների ճնշման արդյունք լինել, բայց չի կարող ճշգրիտ լինել ֆիզիկապես չհամակցված ընդլայնման համար:
 
Q9. Իմ NRT աշխատանքը միշտ փորձարկման մեջ է, որը չի ամբողջացնում աշխատանքը: Ինչպես կարող եմ հասկանալ, որ աշխատանքը կախյալ է և ինչ կարող եմ անել այն կանխելու համար:
 

Կախյալությունը հիմնականում առաջանում է այն դեպքերում, երբ ի հայտ է գալիս հիպերվալենտականությունը և ծրագիրը NRTFDM գործիքով NRT-ն վերսկսելու փորձ է անում` կիրառելով ամբողջական (ավելի, քան valence-ը) խտության մատրիցան, բայց առանց հստակ հիշողության անհրաժեշտ տեղեկատվությունը պահպանելու նպատակով:

(Հիպերվալենտականության վերաբերյալ հաղորդագրությունը կարող եք տեսնել .LOG ֆայլի կոճակի մոտ հասկանալու համար, արդյոք այս տեսակ կախյալությունը հնարավոր է, թե ոչ):  Սրա լուծման համար հիպերվալենտականության հատուկ դեպքերում անհրաժեշտ է մուտքագրել հավելյան հիշողություն  և/կամ ներառել NRTFDM  հիմնաբառը, որպեսզի ի սկզբանե մուտքագրված խտության մատրիցան գործի: Այս դեպքում, ոչ ադեկվատ հիշողությունը կհանգեցնի վաղ ձախողման, այլ ոչ թե կախյալության:
 

Q10.

Ես փորձել եմ կիրառել MP2-ի  կամ  CASSCF-ի ավելի բարձր մակարդակները, բայց հանկարծ նկատեցի, որ այնտեղ առկա չեն ոչ  NBO ուղեծրային էներգիաները, և ոչ  էլ երկրորդական էներգիաները: Ինչն է սխալ:

  NBO-ն գնահատում է <<ուղեծրային էներգիան>> և երկրորդական կայունացնող էներգիան միայն այն ժամանակա, երբ առկա է լավ սահմանված 1-էլեկտրոնով արդյունավետ Համիլտոնյան օպերատորը (օրինակ  Fock կամ Kohn-Sham օպերատորը): Այս օպերատորը հասանելի չէ փոխկապակցված նկարագրությունների համար, բացի DFT տեսակից:
Q11. NPA վերլուծություններից հետո հաճախ եմ հանդիպում <<տարրերի հակադարձում>> նախազգուշացնող հաղորդագրությանը: Պետք է արդյոք զգուշանալ:
  Հավանաբար, ոչ: <<Հակադարձումը>> (էներգիայի և զբաղվածության սահմանման անհամատեղելիությունը) հաճախ ի հայտ է գալիս շատ ցածր զբաղվածության  Rydberg- տեսակի ուղեծրի դեպքում կամ զբաղվածության կամ էներգիայի մեջ մոտավոր փոփոխության առկայության դեպքում, ուստի այս որ էական ֆիզիկական ազդեցությունները նշվում են: Բարձր զբաղվածությամբ հակադարձման հակառակ դեպքում չփոփոխված ուղեծրերը ներկայացնում են մեկ այլ պատմություն:
 
Q12. Ինչպես ես կարող եմ NBO-ի կամ այլ բնական տեղայնացված ուղեծրի դիագրամ/սխեմա ձեռք բերել:
 

Եթե  ESS-ը ունի մուտքագրված  NBO և գրել-կարդալու ֆայլ, ապա ստուգող մատնանշող (կամ  SPARTAN-ը) գործիքները հնարավորություն են տալիս այս ֆայլում կիրառել MO նախապատրաստական ծրագրային մեթոդները տեղայնացված ուղեծրերը կազմելու նպատակով  ( MOs-ի շրջանակներում): The NBO դիտարկումNBO դիտարկում օգտակար ծրագիրը (տես պատվերի տվյալներըպատվերի տվյալները) հնարավորություն է տալիս  ստանալ 1-D ամպլիտուդով պրոֆիլներ, 2-D եզրագծային սյուժեները կամ ցանկացած տեղայնացված ուղեծրի նկարի նման մատուցված 3D  լուսանկար` PLOT հիմնաբառով ստեղծված ու ներդրված ֆայլի կիրառմամբ:

Q13. Ես չեմ կարող g77 հիմքով կամ իմ linux  համակարգով gennbo.f կազմել: Ինչն է սխալ:
  Կիրառեք կազմարար հրահանգը
 

g77 -Wno-globals -fno-globals gennbo.f -o gennbo


շրջանցելու  սահմանված vs. կոչվող ենթածրագրային փաստարկների ցուցակների միջև ստուգումները:
 
Q14. Իմ nbo_59.src ֆայլը պարունակում է մի քանի "^@" control հիմնական նիշեր, որոնք բնօրինակը CD –ի վրա չեն: Ինչ է պատահել:
  Հնարավոր է, src textfile-ը տեղափոխվել է տարբեր գործող համակարգերի միջև կիրառելով Windows—ի նման  ftp-ն "T/B"-ի հետ միասին  (ավելի, քան տեքստ  "T") որպես կանխադրված ֆայլի տեսակի կարգավորում:
 
Q15.

Ես աշխատում եմ lanthanides-ով  և/կամ actinides-ով: Արդյոք NPA բաշխված սխեման կճանաչի  5d ( lanthanide-ի համար) և 6d (actinides-ի համար) subshell  որպես  "վալենտային" subshell, և արդյոք սա կազդի իմ  NPA մուտքերի վրա:

  Բոլոր NBO տարբերակները (ներառյալ NBO 6.0) ճանաչում են այս subshells-ը որպես վալենտային միավորներ, որոնք համահունչ են այդ subshells –ի դիտարկված մասնակի զբաղվածությանը «F-block" lanthanides-ի և actinides-ի հիմնական ատոմային միջավայրում: [J. Comput. Chem. 28: 198-203, 2007]: lanthanides / actinides-ի համար NPA բաշխումները այժմ համահունչ են հիմնական եւ անցումային շրջանի բլոկների երկար մշակված կանոններին և հայտնի ատոմային կոնֆիգուրացիաներին: Ավելի հին NBO տարբերակները համապատասխանում են  Madelung կանոնին, համաձայն որի մի քանի lanthanides եւ actinides պետք է վերլուծվեն ատոմային կոնֆիգուրացիայի կանոնակարգի շրջանակներում): Այս փոփոխությունը կարող է ազդել NPA մուտքերի վրա [J. Chem. Phys. 121, 2563-2570, 2004]: Գործող  NBO 6.0-ին ավելի հին NBO տարբերակը համապատասխանեցնելու նպատակով կոդ ստեղծելու հիմնդրույթներին ծանոթանալու համար տես թարմացումները թարմացում:
Q16. NBO դիտարկումը MacOSX-ի համար գործարկելու հրահանգները չեն աշխատում իմ   Macintosh-ում: Ինչ խնդիր կա:
 

NBO դիտարկման կողմից կիրառվող գրադարանները հասանելի չեն Macintosh-ի նոր մոդելների համար: Դուք կարող եք կիրառել Xcode 3.1.2 –ը (ներբեռնված Apple Developers վեբ կայքից) և  gnu կազմարար  gcc4.4 for Intel macs-ը (ներբեռնված http://hpc.sourceforge.net/) –ից NBO դիտարկման ծրագիրը հետևյալ հրահանգներով (կիրառելով տերմինալի հայտը) կազմելու և հղելու համար.

(1) կազմեք draw.c ծրագիրը gnu կազմարարով կիրառելով հետևյալ gcc հրահանգը. 

gcc -c -D_XWINDOWS -D_MACOSX draw.c

(2) այժմ ստեղծեք  nbo դիտարկում .f fortran կոդը և հղեք այռ առ  draw.o ֆայլը և  X-windows գրադարանը  gnu կազմարարով կիրառելով  gfortran հրահանգը 

gfortran nboview.f draw.o -L/usr/X11R6/lib -lX11 -o nboview

(3) վերջապես, ջնջեք draw.o ֆայլը. 

rm draw.o

դուք պետք է ունենաք գործարկվող  nboդիտարկում ծրագիրը ,որը կարելի է ունենալ` տպելով ./nboview տերմինալներից:
 

Q17. Իմ NICS-տեսակի NCS հիմնաբառով աշխատող NMR հաշվարկը ձախողվել է վերջին G09/NBO5 տարբերակներում: Որն է խնդիրներից հիմնականը:
  Բոլոր հայտնի NCS խնդիրները  "MO" գործիքի շրջանակներում լուծված են: Այնուամենայնիվ,  ատոմներով NICS տեսակի հաշվարկները դեռևս կարող են ձախողվել (NACIONAL ենթածրագիր չի կարող գտնել  տեսակի վալենտականությամբ ուղեծիր  GH … ատոմի վրա) ելնելով այն փաստից, որ կազմողն ու գործարկողը  ստեղծում են G09 ծրագիրը: Fortran Կազմողի կողմից  Itanium պրոցեսորների հիման վրա ստեղծված  G09-ի համար /կամ G03/ NICS հաշվարկները գործարկվում են առանց թերացումների: Այնուամենայնիվ, PGF –ով  Nehalem կազմությունը (որպիսին խորհուրդ է տրվում  G09 հրահանգներում) հանգեցնում են NICS ծրագրերում թերացումների: (աչքի ամցկացրեք ընթացիկ տեղեկությունները, ինչպես նաև այս խնդիրների լուծմանն ուղղված հետագա քայլերը: Շնորհակալություն հայտնենք դոկտոր Միրի Կարնին վերջին G03 / G09 բաշխման կազմարարական հատկորոշիչների բացահայտման համար):
Q18. Mac OSX հարթության վրա GENNBO ստեղծելու իմ քայլերը ձախողվել են g77.-ով հանդերձ: gfortran-ով փորձը հաջողվեց (առանց ձախողման հաղորդագրությունների), բայց արդյունքում ստացված gennbo.exe ծրագիրը կտրուկ դադարեցվեց: Ինչն է սխալ:
 

Անորոշ պատճառներով, , 64-բիթ Mac OSX համակարգերը պետք է ընտրվեն "32-բիթ ամբողջական թիվ" գործիքի հետ հասանելի բաց կազմարարների կիրառման համար: Արդյունքում ստացված gennbo.f կոդը կազմվում է gfortran –ով (ոչ g77-ով, որը զարգացման ցիկլում վերջին հատվածում է գտնվում)` օգտագործելով, օրինակ,

         gfortran gennbo.f -o gennbo_32

HOLLERITH ից  INTEGER հակադարձման վերաբերյալ հաղորդագրությունները պետք է անտեսել: Սա ստեղծում է gennbo_32.exe, որը պետք է հաջոող կերպով գործի 32-բիթ ծրագրում:
 

Q19. Իմ DFT ջնջելու գործողությունները (POP=DEL)  G09-ով այլևս չեն համընկնում G03 աշխատանքների հետ: Ինչն է սխալ:
  G09-ում ներմուծված ներմուծման գործիքը ազդում է բոլոր DFT մեթոդներով  $DEL գնահատումները: Բոլոր G09 կիրառողները պետք է ներբեռնեն IOp-ով կիրառվող ծրագրեր ներքոնշյալ օրինակների նման.

         #B3LYP/6-31+G* Pop=NBODel SCF=NoVarAcc IOp(5/48=100000)

Թերացումը ազդում է գործող (12/15/2011) C և ստեղծող G09 –ի A, B  փոփոխականների վրա, որոնք պետք է որպես միջոց կիրառվեն հետագա փոփոխականներում:

 

Q20. Ubuntu 11.10 (32 bit x86) –ի վրա gfortran-ով gennbo.f ստեղծելու իմ քայլերի արդյունքում ստեղծվեց գործարկվող, բայց ORCA-ի վրա չաշխատող տարբերակ: Հետո ես ներբեռնեցի և փորձեցի g77 կազմարարը (որպիսին կիրառվում է Q13-ում), բայց սա ձախողվեց <<չի կարող գտնել>> հաղորդագրությամբ crtl.o, crti.o -ի(այդպիսի ֆայլ կամ տեղեկատու գոյություն չունի) և -lgcc_s.  համար: Ինչն է սխալ:
  g77 կազմարարը չի գտնում բաշխված գրադարանները. Այն ֆիքսելու համար դուք պիտի կատարեք հետևյալ երկու գործողությունները. 

Քայլ 1 (տերմինալում):  

         LIBRARY_PATH=/usr/lib/i386-linux-gnu:/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu:$LIBRARY_PATH
         export LIBRARY_PATH

Քայլ 2 (տերմինալումn i486-linux-gnu տեղեկատու): 

Ջարդված  symlink-ը բացակայող libgcc_s.so library (/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/libgcc_s.so) –ով կարելի է ուղղել հետևյալ հրահանգներով. 

         sudo ln -s /lib/i386-linux-gnu/libgcc_s.so.1 libgcc_s.so

Հետո  g77-ի  Q13 կազմարար հրահանգը պետք է ճիշտ կերպով աշխատի:

Q21. Երբ ես պատկերացնում եմ ուղեծիրը (կամ դիտարկում եմ  PNBO համընկնող անբաժանելիները) սպասվող E(2) դոնոր ընդունիչի կայունացման փոխազդեցության համար, ես պարզեցի, որ դոնոր-ընդունիչը բացասական է (փուլից դուրս "antibonding"): Ինչն է սխալ:
  Ոչինչ: E(2) դոնոր ընդունիչի արժեքները  /կամ որեւէ քվանտամեխանիկական չափելիները / կարող են կախված լինել ալիքային ֆունկցիաների բացարձակ քառակուսուց, բայց ոչ անհատական ուղեծրերի նիշից: Իսկապես, ցանկացած կոնկրետ դոնոր-ընդունիչի նշանը կախված կլինի կոորդինատային համակարգի կամայական ընտրությունից, որը չունի որևէ ֆիզիկական նշանակություն: E(2) արժեքի հիմքում ընկած տեսությունը ուսումնասիրելով, սխալ փուլի  խառը գործակիցներով  դոնորների կամ կրողների ուղեծրերը ինքնաբերաբար կձեռնարկվեն հակառակ նշանով պահպանելու  պատշաճ «bonding" փոխհարաբերություններ: Սա դուք կարող եք ստուգել NLMO արդյունքի մանրամասները ուսումնասիրելով, որտեղ դոնոր և ընդունիչ NBO-ն կգտնվի հակառակ նշանների միախառնումից,  երբ E(2)-ի ուղղակի Fock մատրիցայի տարրերի (կամ համապատասխան  PNBO համընկնող անբաժանելիություն) համարիչը համարվում է սխալ տարր: NBOդիտարկումով ուղեծրերը դիտարկելիս կարող եք կիրառել SIGN հրահանգը առանձին ուղեծրային տարրերը հակադարձելու համար և վերականգնել դոնոր և ընդունիչ ուղեծրերի ակնկալվող ենթադիրքը:
Q22.
Ես կցանկանայի NBO6 լիցենզիան մեկ նիշով բարձրացնել: Դա հնարավոր է:?
  Այո: Կապվեք NBO բիզնես մենեջերի հետ (tcinbo@chem.wisc.edu) ձեր նախկին երկակի լիցենզիայի մեջ ներառված  ներբեռնված կոդով լիցենզիայի գնման գործընթացը կազմակերպելու համար, որի համար կգանձվի հիմնական և երկակի NBO6 լիցենզիաների միջև եղած տարբերությունը:

 

Q23. Կա տարբերակ NBO 5.9-ը   NBO6-G09 Rev. D.01-ում կիրառելու համար:
  NBO 5.9 կոդի մեկ գծով փոփոխականները պետք է ստեղծվեն այնպես, որ այն հղում կատարի դեպի  G09 D.01: Փնտրեք  l607. ֆայլը NBO 5.9-ի համար նախնական  (եւ միայն) հայտի առաջացման նպատակով  (մոտ  43,856):

IF(IOP(40).GE.2) հետո 

Մուտքագրեք գիծը

IOP(40) = IOP(40) — 1

անմիջապես առաջարկից հետո: Շարունակեք ստեղծել G09: Արդյունքում ստեղծված l607.exe-ն պետք է գործարկվի  կիրառվող NBO 5.9-ում: NBO 5.9-ի հետ այս փոփոխությունը չպետք է կիրառել G09-ի նախկին D.01 տարբերակի վրա:
 

Q24. Ինչու են NBO վերլուծում այն հոդվածը, որը հանդիսանում է հավելյան ուղեծիր GAMESS-ը  ողջ  հիմնական գործառույթներով կիրառելու ժամանակ:
  Եթե հիմնական գործառույթների կարիք կա, ապա  (ISPHER=1 in $CONTRL),GAMESS –ը բացառում է Cartesian բաղադրիչները (օրինակ Cartesian d-տեսակի դասավորվածությամբ s-բաղադրիչը) SCF –ում ալիքային ֆունկցիաների գնահատման վերլուծությունից: Այնուամենայնիվ, GAMESS-ից NBO գնացող ողջ տեղեկությունը այս ալիքային ֆունկցիաների վերաբերյալ (AO համընկնում, Fock  մատրիցա,խտության մատրիցա և այլն) դեռևս արտահայտված է Cartesian կարգավորումներում, ավելի, քան բաժանված համայնապատկերների կարգավորումներում: . NPA-ն կհաղորդի, որ C ատոմն ունի s ձևի ֆունկցիաներ, երբ կիրառում եք 6-31G*-ն, չնայած այս գործառույթներից միայն երեքն են կիրառվում , SCF գործընթացում:

Սկզբունքորեն, հիմնական կարգավորումների հավելյալ Cartesian բաղադրիչները պետք է ապահովեն զրո զբաղվածություն: Գործնականում, այնուամենայնիվ, փոքր զբաղվածությունը (սովորաբար  0.00001-0.00010e) հաճախ հաղորդվում է: Այսպիսի զբաղվածություն ի հայտ է գալիս, քանի որ the Cartesian AO միջակայքի վեկտորները, որոնք GAMESS-ը կիրառում է, իրականում հիմնական կարգավորման հավելյալ Cartesian բաղադրիչներ չեն: Այս վեկտորներն իրականում Cartesian բաղադրիչ տարրեր են, բայց պարունակում են այլ հիմնական բաղադրիչների տարրեր:
 

Q25. Չնայած Q3-ում ասվածին, G09W վերջին ծրագրով ստեղծված .47 ֆայլերի արխիվը չի կարող կիրառվել որևէ  GenNBO ծրագրով: Ինչն է սխալ:
 
PG09 –ում ծրագրավորման փոփոխություններ են արվել, որոնք հիմք են հանդիսացել .47 ֆորմատի համար, իսկ  NBO 3.1-ի NBO արխիվային ֆայլերը linux –ում և windows հիմքով ծրագրում անկիրառելի են դարձրել: Խնդիրը այժմ գործող Rev. D.01,-ում է, որը պիտի լուծվի հետագա տարբերակներում:
 
Q26. Կարող է NBO 6.0-ն փոփոխվել ավելի լայն համակարգերի կամ հիմնային կարգավորումների հետ աշխատելու նպատակով:
 
Եվ այո, և ոչ: Եթե դուք ունեք  NBO 6.0 (տես Q22), դուք կարող եք ունենալ ատոմների առավելագույն քանակը (MAXATM) 50-ից սկսած մինչ 999, կամ էլ հիմնական ֆունկցիաների (MAXATM) առավելագույն քանակը 5000-ից մինչ 9999` fortran կոդով համապատասխան PARAMETER հայտարարագրեը խմբագրելով: Եթե ունեք երկակի NBO 6.0,, ապա ոչ մի փոփոխություն չեք կարող կատարել:
 
Q27. Որքանով է հարմարավետ NBO –ն: Կան այնտեղ խնդիրներ, որոնք կանխում են որևէ մոլեկուլ ձևակերպելուն:
  NBO-ն փնտրում է ներդրված ալիքային ֆունկցիայի  լավագույն և եզակի Lewis կառուցվածքով (NLS) նկարագիրը, բայց չկա որևէ երաշխիք, որ այսպիսի NLS նկարագիրը ապահովում է բարձր որակ: Ոչ Lewis  զբաղվածության տոկոսային հարաբերականությունը  (%ρNL, նշված  NBO ցուցակի վերևում) NLS ձախողման  թվային չափանիշ է: Աճող %ρNL  ձախողումները համադրվում են նվազող բարձր տեղայնության ռեզոնանսային բնույթի բաղադրիչներով, անցումային կետերով կամ մետաղական տարրերով [տես, օրինակ,  Inorg. Chem. 52, 5166 (2013)], անհրաժեշտ NRT մակարդակի վերլուծություններով ավելի հստակ նկարագրի համար:
 
Q28. Հնարավոր է արդյոք ստեղծել երկու միացություններ, որոնք չեն կարող գտնել բարենպաստ փոխազդեցության լավագույն տարբերակը (դոնոր-ընդունիչ փոխազդեցության միջոցով):
  Այո, երկրոդ մակարդակի տեսության վերլուծությունը, որը ի հայտ է գալիս NBO-ում HF/DFT ալիքային ֆունկցիաների համար,  տալիս է դոնոր-ընդունիչ փոխազդեցությունների ուղղակի թվային E2  գնահատականներ  թե միջմոլեկուլային շրջանակներում և թե միջմոլեկուլային — մոլեկուլային միավորներում: Ավելի բարձր փոխկապակցված տեսություններում,  որտեղ a HF/DFT-տեսակի  1e effective Hamiltonian- հասանելի չէ, նման փոխազդեցությունների ապացույցը կարելի է տեսնել կոտորակային NRT ֆունկցիաներում ատոմների տարբեր մոլեկուլների միջև:  Բնական ուղեծրերով (ՈՒիլի 2012) Քիմիայի բացահայտման 5-րդ գլխում  նկարագրվում են բազմաթիվ հավելյալ գործառույթներ, ($DEL, $CHOOSE, NLMO ապատեղայնացում, PNBO գրաֆիկական դիզայն…) նման փոխազդեցությունը եւ դրանց կախվածությունը միջմոլեկուլային երկրաչափությունից ուսումնասիրելու նպատակով:
Q29. Հաշվարկված NBO մուտքերը հեռու են սպասված օքսիդացման թվերից, որոնք մենք հաշվարկում ենք անցումային մետաղների համար: Որն է ճիշտ: Եվ մենք ինչպես ենք մտածում օքսիդացնող թվերի մասին , եթե NBO-ն ճիշտ է:
  Օքսիդացման թիվը էլեկտրական մուտքի ձեւական «հաշվառման» հանձնարարական է, որ կարող է իրական դառնալ ծայրահեղ իոնային սահմանաչափում (ինչպես, օրինակ, ներկայացված է  Zn2+ կոմպլեքսում): Հաշվողական եւ փորձարարական X-ray, IR, NMR …-ի թվային գծերում  ապացույցները փաստում են, որ NPA-ն և այլ նմանատիպ (ոչ ամբողջական թվով) էլեկտրոնային նկարագրիչները տալիս են ավելի հստակ պատկեր անցումային մետաղական տեսակների ճնշող մեծամասնության մեջ մուտքերի վերաբերյալ, որոնք համահունչ են նշված փոխազդեցություններին: Այնուամենային, օքսիդացման թիվը օգտակար է քիմիական անվանացանկի պիտակավորման կոնվենցիայում:  

source: http://nbo6.chem.wisc.edu/faq_css.htm